Se você já leu sobre a Raspberry pi já deve ter se perguntado porque ela roda a pena Linux? ou então o Windows IOT? A resposta é bem simples, o hardware.
O Raspberry utiliza processador com arquitetura ARM pois ele utiliza pouca energia é bem menor que a dos processadores x86 ou x64 e por esse e outros motivos que o windows é incompatível com o mesmo. Os processadores ARM são os mesmos utilizados em tablets celulares e até mesmo alguns ultrabooks pela sua leveza e bom custo-benefício.
Esse tipo de processador faz parte da família RISC, necessitando de um menor número de transistores do que os CISC. Esse tipo de processador permite a eliminação de calor com mais facilidade.
Caso você tenha visto os sistemas para esse tipo de placa deve ter notado que eles em sua maioria são distribuições Debian. O Debian é considerado o pai de muitos sistemas operacionais baseados em Linux, pode-se dizer que mais da metade dos sistemas baseia-se nele. Por se tratarem de softwares com código aberto eles podem ser facilmente feitos especificamente para essas plataformas sem ser necessário pedir autorização os criadores do Debian ou outro sistema operacional, para fazer um sistema para essa plataforma baseados em Windows é necessário pedir autorização para a Microsoft e como você já deve saber isso é impossível. Apenas A Microsoft é capaz de fazer um sistema para ele e isso não é vantajoso para ela pois isso não é interessante financeiramente.